پمپ‌های روتاری با چرخش پره‌ها یا تیغه‌ها در داخل محفظه، هوا را به بیرون هدایت می‌کنند. پمپ‌های دیافراگمی با حرکت دیافراگم به بالا و پایین، حجم محفظه را تغییر می‌دهند و باعث ایجاد خلاء می‌شوند. 

پمپ‌های روتاری به دلیل ایجاد خلاء بالاتر و جریان هوای بیشتر، برای کاربردهایی که نیاز به خلاء عمیق‌تر دارند، مانند صنایع شیمیایی، نیمه‌هادی و غیره، مناسب‌تر هستند. پمپ‌های دیافراگمی به دلیل عدم نیاز به روغن، برای کاربردهایی که آلودگی محیطی مهم است، مانند صنایع غذایی، دارویی و آزمایشگاهی، کاربرد دارند. 

پمپ‌های روتاری می‌توانند خلاء عمیق‌تری نسبت به پمپ‌های دیافراگمی ایجاد کنند. 

پمپ‌های روتاری ممکن است برای عملکرد به روغن نیاز داشته باشند، در حالی که پمپ‌های دیافراگمی معمولاً خشک هستند و نیازی به روغن ندارند. 

پمپ‌های دیافراگمی معمولاً صدای بیشتری نسبت به پمپ‌های روتاری تولید می‌کنند. 

پمپ‌های دیافراگمی به دلیل حرکت رفت و برگشتی، ممکن است لرزش بیشتری نسبت به پمپ‌های روتاری ایجاد کنند. 

پمپ‌های دیافراگمی معمولاً هزینه اولیه کمتری نسبت به پمپ‌های روتاری دارند.