پمپ‌های وکیوم آبی مزایای زیادی دارند، اما معایبی نیز که عمدتاً به مصرف آب و محدودیت‌های عملکردی مربوط می‌شود، عملکرد آن‌ها را در برخی کاربردها محدود می‌کند.

رطوبت خروجی بالا

رطوبت زیاد در خروجی خلاء، نیاز به جداکننده‌های اضافی ایجاد می‌کند و برای فرآیندهای خشک نامناسب است. این مسئله کارایی را در محیط‌های حساس کاهش می‌دهد.

هزینه و مصرف منابع

هزینه اولیه بالاتر از مدل‌های روغنی و مصرف مداوم آب، به ویژه در مناطق کم‌آب، مشکل‌ساز است. نیاز به سیستم تصفیه آب برای جلوگیری از رسوبات، هزینه نگهداری را افزایش می‌دهد.

محدودیت‌های فنی

عدم دستیابی به خلاء خیلی عمیق (محدود به حدود 33 mbar) و حساسیت به دمای آب، عملکرد را در شرایط خاص مختل می‌کند.